Možda se Galileju, više nego bilo kom drugom pojednicu, ima pripisati u zaslugu rođenje moderne nauke. Njegov znameniti sukob sa katoličkom crkvom bio je od središnjeg značaja za njegovu filozofiju, jer Galilej je bio jedan od prvih koji su ustvrdili da čovek može da se nada da će pronići u to kako svet dejstvuje; štaviše, to bismo mogli postići posmatranjem stvarnog sveta.
     Galilej je od početka verovao u Kopernikovu teoriju (prema kojoj planete kruže oko Sunca), ali počeo je da je javno podržava tek onda kada je otkrio dokaze koji su potvrđivali valjanost te zamisli. Pisao je o Kopernikovoj teoriji na italijanskom (a ne na uobičajenom akademskom latinskom) i njegova gledišta uskoro su dobila široku podršku izvan univerziteta. Ovo je ozlojedilo aristotelovske profesore koji su se ujedinili protiv njega, nastojeći da ubede katoličku crkvu da izopšti Kopernika.
     Zabrinut zbog ovoga, Galilej je pohitao u Rim na razgovor sa crkvenim vlastima. Istupio je pred njima sa tvrdnjom da svrha Biblije nije da nam bilo šta kaže o naučnim teorijama, kao i da je uobičajeno pretpostaviti da je Sveto Pismo alegorično na onim mestima gde protivureči zdravom razumu. Ali crkva se pobojala skandala koji je mogao da podrije njenu borbu protiv protestantizma, te je tako preduzela represivne mere. Kopernikove nazore proglasila je 1616. za 'lažne i pogrešne' i naložila je Galileju da više nikada ne brani i ne zastupa to učenje. Galilej se s tim pomirio.
     Godine 1623, jedan dugogodišnji Galilejev prijatelj postao je papa. Galilej je odmah pokušao da ga nagovori da povuče odredbu. Nije u tome uspeo, ali mu je pošlo za rukom da dobije dozvolu da napiše knjigu u kojoj bi raspravljao o Aristotelovoj i Kopernikovoj teoriji, pod dva uslova: neće stati ni na čiju stranu i doći će do zaključka da čovek nikako ne može da ustanovi kako svet dejstvuje zato što Bog može da izazove ista dejstva na načine nepojamne čoveku, koji ne sme da postavlja ograničenja Božjoj svemoći.
     Knjiga pod naslovom Rasprava o dva glavna sistema sveta bila je privedena kraju i objavljena 1632, uz punu potporu cenzora, i odmah je bila pozdravljena širom Evrope kao književno i folosofsko remek-delo. Shvativši da ljudi u knjizi vide uverljiv prilog kopernikanizmu, papa je uskoro zažalio što je dopustio njeno objavljivanje. Stoga je ustvrdio da je Galilej, iako knjiga ima zvanični blagoslov cenzora, ipak prekršio odredbu iz 1616. Izveo je Galileja pred inkviziciju, koja ga je osudila na doživotni kućni pritvor i naložila mu da se javno odrekne kopernikanizma. Galilej je po drugi put ustuknuo.
     Galilej je ostao veran katolik, ali njegovo uverenje u nezavisnost nauke nije bilo poljuljano. Četiri godine pre smrti 1642, nalazeći se i dalje u kućnom pritvoru, uspeo je da prokrijumčari rukopis svoje druge kapitalne knjige jednom izdavaču u Holandiji. Upravo ovo delo, poznato pod naslovom Dve nove nauke, postalo je, još više nego Galilejeva podrška Koperniku, zametak moderne fizike.

Poglavlje iz knjige "Kratka istorija vremena" Stivena Hokinga,

Hawking Stephen, BRIEF HISTORY OF TIME